شعار الجامعة

الله ، الحقيقة ، الوطن ، الإنسانية
الكتاب المفتوح ، وهو رمز المعرفة المتفتحة يحتل الجزء الأعلى من الشعار يقسم صفحتيه عمودياً خطان متوازيان ، الخط الأيمن أزرق والأيسر أبيض والخطان يمثلان نهر النيل، والمائلان النيل الأزرق والأبيض يمنة ويسرة على التوالي، وما بين النيلين مبنى الجامعة تنبعث منه خطوط بيضاء (نور العلم) تمتد داخل خلفية سوداء (ظلام الجهل).
الجامعة هي الإرادة الفعالة للوصول إلى (الحقيقة). الحقيقة التي تعمق الإيمان (بالله) سبحانه وتعالى عن طريق كشف أسرار مخلوقاته ، وبتسخير المعرفة الحقيقة ، نشيد صرح (الوطن) ونسهم في نمو وتقدم الإنسان (الإنسانية).
اللوحة المستطيلة شمال الشعار تمثل الكتابة المروية دليل حضارتنا القديمة ، قدمها أحد أفراد الشعب هدية إلى الإله إيزيس أم الأجيال التي تزداد حكمتها بتعاقب ما تنجب من أجيال (فكرة الجامعة) وباللوحة محاولة لكتابة الخرطوم بأربعة حروف مروية.